Der Name Leflaive lässt sich im Burgund bis in das 16. Jahrhundert zurückverfolgen. Erste Belege über den Weinbau liegen aus dem Jahr 1717 vor, der damalige Inhaber war Claude Leflaive. Das Weingut entwickelte sich prächtig, durch die im Burgund übliche Erbfolge wurde das Gut aber im Laufe der Zeit weitestgehend zerschlagen. Als Joseph Leflaive im Jahr 1920 einen kleinen Weinberg mit zwei Hektaren erbte, startete er ein breit angelegtes Programm mit auf Unterlagsreben gepfropften Edelreben. Zudem begann er mit der eigenen Vermarktung seiner Weine, nachdem er sie bislang an den lokalen Handel geliefert hatte. Nach dem Tod von Joseph im Jahr 1953 übernahmen die Söhne Vincent und Jo die Domaine und führten sie wieder an die Spitze. Seit 1997 werden die Produkte nach den Regeln der biologisch-dynamischen Landwirtschaft erzeugt.